由于银行承兑汇票具有支付功能、结算功能，银行承兑汇票贴现也成为中小企业融资的一种重要手段。但我国目前银行承兑汇票贴现市场存在着两大弊端，影响着银行承兑汇票贴现市场健康、繁荣的发展。
一、重视国有股份制银行承兑的银行承兑汇票贴现，轻视地方性商业银行、城市信用社、农村信用社承兑的银行承兑汇票贴现 。
银行承兑汇票是将银行信用与商业信用有机结合，正是因为有了银行的信用保证，银行承兑汇票作为一种支付手段，才能被广大企业所认可。银行承兑汇票用于企业间的支付结算，具有信用货币的功能。银行承兑汇票持票人在需要现金流时，可以将所持银行承兑汇票向开户行申请贴现，以满足自己的短期融资需求。
按《票据法》规定，经由银行承兑的商业汇票由银行承担到期付款的责任，确保了银行承兑汇票合法有效流通。但各银行对银行承兑汇票贴现都有内部的条文规定，进而保护自己的利益，这就会导致重视国有股份制银行承兑的银行承兑汇票贴现，轻视地方性商业银行、城市信用社、农村信用社承兑的银行承兑汇票贴现的现象例如，深圳市A企业持有一份经由山西B县信用社承兑的银行承兑汇票，在到期日之前，A向其开户行深圳市C工行申请贴现。尽管手续齐全、背书完整，仍可能就会被拒绝贴现。主要原因是国有股份制银行在我国金融体系中处于绝对优势地位，而地方性商业银行、城市信用社、农村信用社等金融机构的信用等级相对而言处于一种弱势。即使地方性商业银行、城市信用社、农村信用社承兑的银行承兑汇票能进行贴现，其贴现率也会高于国有股份制银行承兑的银行承兑汇票，增加了贴现企业的成本。
二、重视大额银行承兑汇票贴现，轻视小额银行承兑汇票贴现。
随着我国金融体制的改革，各大银行都设置了自己的票据营业部，开展票据业务。追求利益最大化是银行开展银行承兑汇票贴现业务的主要目的，对于银行而言，一张票面金额1000万的银行承兑汇票贴现与一张票面金额10万的银行承兑汇票贴现的机会成本是同样的，但其利润差别巨大。这就使得某些银行重视大额银行承兑汇票贴现，而以没有额度、头寸不足等理由拒绝对小额银行承兑汇票贴现。
